| 生物洁净室都是以有生命微粒的控制为对象，但是又有明显差别。 主要控制有生命颗粒（例如单细胞藻类、菌类、原生动物、细菌和病毒等）对工作对象的污染是一般生物洁净室。内部一般保持正压。一般生物洁净室是一种结构和材料允许进行灭菌处理的工业洁净室，可用于食品工业（防止变质、发霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）、医疗设施（手术室、制剂室、调剂室）、动物实验室（无菌动物饲育）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等部门。
要求控制的室内参数基本上与一般生物洁净室相同，主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，不同的是室内要求静压比周围环境低（即负压度），是生物安全洁净室。生物安全洁净室用于研究实验设施（细菌学、生物学洁净实验室）生物工程（重组基因、疫苗制备）。生物安全洁净室从事的研究对象是对人体和环境有很大危害的物质，如艾滋病***的研究，这种洁净室的气密性要求比一般洁净室高，施工难度大，安全度要求高，造价也较一般洁净室高，在施工中应加以重视。
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